OTAR3088/CellFinder_ner_all-V1 · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 357	tags listlengths 0 357
[ "A", "positive", "score", "indicated", "a", "higher", "likelihood", "of", "being", "AS", "in", "both", "human", "and", "mouse", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ACEScan", "was", "updated", "in", "the", "following", "ways", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Firstly", ",", "instead", "of", "relying", "on", "orthology", "information", "by", "Ensembl", ",", "and", "then", "aligning", "flanking", "introns", "in", "“", "orthologous", "”", "exons", ",", "conserved", "exonic", "and", "intronic", "regions", "in", "human", "and", "mouse", "from", "genome-wide", "multiple", "alignments", "were", "extracted", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Secondly", ",", "whereas", "in", "our", "previous", "analysis", "exons", "from", "the", "longest", "transcript", "in", "Ensembl", "were", "utilized", ",", "now", "we", "collapsed", "all", "the", "transcripts", "available", "at", "the", "UCSC", "genome", "browser", "and", "analyzed", "all", "exons", "in", "the", "entire", "gene", "loci", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ACEScan", "was", "utilized", "to", "assign", "ACEScan", "scores", "to", "all", "∼162,000", "internal", "exons", "in", "our", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Exons", "annotated", "as", "first", "or", "last", "exons", "in", "Refseq", "mRNAs", "were", "excluded", "from", "our", "analysis", ",", "resulting", "in", "4,487", "positive-scoring", "exons", ",", "2-fold", "more", "exons", "than", "originally", "published", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Here", "we", "repeated", "our", "analysis", "with", "exons", "with", "positive", "ACEScan", "scores", "(", "ACE[+", "]", ")", "instead", "of", "EST-SEs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "If", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probeset", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "2", "%", "(", "1,645", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "(", "after", "probeset", "mapping", ")", "were", "ACE[+", "]", "(", "Figure", "6B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Shuffling", "the", "mapping", "between", "these", "probesets", "and", "exons", "resulted", "in", "3", "%", "(", "2,044", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "being", "ACE[+", "]", "(", "Figure", "6B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "These", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "2.7", "%", "observed", "from", "all", "exons", "(", "4,487", "of", "the", "162,000", "exons", "that", "were", "scored", "by", "ACEScan", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "By", "raising", "the", "requirement", "that", "probesets", "had", "to", "contain", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "ACE[+", "]", "exons", "increased", "from", "4", "%", "to", "11", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "sample", "sizes", "were", "small", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "comparison", ",", "the", "shuffled", "probesets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼4", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similar", "overall", "trends", "were", "observed", "with", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", "and", "the", "derived", "NPs", "versus", "hESCs", "(", "Figure", "6B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "total", ",", "7.5", "%", "(", "131", "of", "1,737", ")", "of", "REAP", "[", "+", "]", "exons", "were", "designated", "as", "ACEScan[+", "]", "compared", "to", "2.4", "%", "(", "2,328", "of", "97,437", ")", "of", "REAP[−", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "This", "result", "suggested", "that", "a", "small", "but", "significantly", "enriched", "fraction", "of", "AS", "events", "in", "hESCs", "versus", "NPs", "was", "likely", "to", "be", "evolutionarily", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "conclusion", ",", "our", "results", "suggested", "that", "REAP", "predictions", "were", "congruent", "with", "predictions", "from", "two", "independent", ",", "orthogonal", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Experimental", "Validation", "of", "Alternative", "ExonsThe", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "REAP", "in", "the", "identification", "of", "REAP[+", "]", "exons", "was", "tested", "by", "RT-PCR", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "validate", "REAP[+", "]", "alternative", "exons", ",", "RT-PCR", "primers", "were", "designed", "in", "the", "flanking", "exons", "to", "amplify", "both", "isoforms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "be", "a", "positively", "validated", "candidate", ",", "the", "PCR", "products", "on", "a", "gel", "had", "to", "satisfy", "all", "of", "the", "following", "criteria", ":", "(", "i", ")", "at", "least", "one", "isoform", "with", "the", "expected", "size", "must", "be", "visible", "in", "each", "cell", "type", ";", "(", "ii", ")", "the", "relative", "abundance", "of", "the", "two", "isoforms", "must", "be", "altered", "between", "two", "cell", "types", "and", "the", "direction", "of", "change", "have", "to", "be", "consistent", "with", "the", "REAP", "studentized", "residuals", ":", "in", "our", "study", "positive", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "hESCs", "and", "skipping", "in", "NPs", ",", "and", "negative", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "NP", "and", "skipping", "in", "hESCs", ";", "and", "(", "iii", ")", "the", "results", "were", "replicable", "in", "at", "least", "two", "experiments", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "simplicity", "of", "design", ",", "we", "tested", "candidates", "predicted", "from", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Fifteen", "REAP[+", "]", "exons", "with", "at", "least", "two", "significant", "outliers", "(", "out", "of", "five", ")", "were", "randomly", "chosen", "as", "predicted", "alternative", "events", "and", "thirty-five", "exons", "with", "less", "than", "two", "significant", "outliers", "were", "randomly", "chosen", "as", "constitutive", "events", "(", "Table", "S3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Nine", "of", "the", "fifteen", "exons", "(", "60", "%", ")", "were", "validated", "as", "AS", "events", "by", "our", "criteria", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "the", "algorithm", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "is", "69", "%", "and", "77", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Increasing", "the", "cutoff", "to", "three", "increased", "the", "specificity", "to", "85", "%", ",", "with", "a", "slight", "decrease", "in", "sensitivity", "to", "67", "%", "(", "Figure", "7A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "patterns", "of", "AS", "in", "hESCs", "were", "similar", "in", "both", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", "for", "all", "AS", "events", "validated", ",", "but", "the", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", "had", "more", "varied", "AS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "pattern", "of", "AS", "in", "the", "REAP[+", "]", "exons", "in", "the", "SLK", "(", "serine/threonine", "kinase", "2", ")", "and", "POT1", "(", "protection", "of", "telomeres", "1", ")", "genes", "showed", "remarkable", "agreement", "within", "derived", "NPs", "and", "hCNS-SCns", "(", "Figure", "7B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "AS", "exon", "in", "SLK", "was", "observed", "to", "be", "included", "in", "hESCs", "and", "completely", "excluded", "in", "NPs", ";", "the", "AS", "exon", "in", "the", "POT1", "gene", "was", "included", "more", "in", "hESCs", "and", "a", "smaller", "isoform", "persisted", "in", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "The", "AS", "patterns", "of", "the", "other", "verified", "REAP[+", "]", "exons", "were", "consistently", "similar", "in", "hESCs", "but", "were", "more", "varied", "in", "the", "NP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Interestingly", ",", "the", "patterns", "of", "AS", "in", "the", "derived", "NPs", "(", "Cyt-NP", "and", "HUES6-NP", ")", "were", "not", "always", "identical", "to", "those", "of", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "For", "example", ",", "the", "AS", "exon", "in", "the", "EHBP1", "(", "EH", "domain", "binding", "protein", "1", ")", "gene", "was", "included", "in", "hESCs", "but", "skipped", "in", "hCNS-SCns", ",", "and", "both", "isoforms", "were", "present", "in", "the", "derived", "NPs", "(", "Figure", "7B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "another", "example", ",", "the", "AS", "exon", "in", "the", "SORBS1", "(", "sorbin", "and", "SH3", "domain", "containing", "1", ")", "gene", "was", "skipped", "in", "hESCs", "and", "included", "in", "hCNS-SCns", ",", "but", "exhibited", "an", "intermediate", "pattern", "in", "the", "derived", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "However", ",", "in", "some", "cases", ",", "the", "AS", "patterns", "in", "the", "derived", "NPs", "were", "different", "from", "both", "hESCs", "and", "hCNS-SCns", "(", "such", "as", "in", "the", "AS", "exon", "in", "UNC84A", ",", "SIRT1", ",", "and", "MLLT10).Figure", "7RT-PCR", "Validation", "of", "REAP-Predicted", "Alternative", "Exons(A", ")", "Probesets", "(", "exons", ")", "were", "considered", "REAP[+", "]", "candidates", "if", "they", "contained", "at", "least", "N", "=", "2", "(", "white", "bars", ")", ",", "3", "(", "gray", "bars", ")", ",", "or", "4", "(", "black", "bars", ")", "significant", "outliers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "True", "positive", "(", "TP", ")", ",", "true", "negative", "(", "TN", ")", ",", "false", "positive", "(", "FP", ")", ",", "and", "false", "negative", "(", "FN", ")", "rates", "were", "calculated", "from", "RT-PCR-validated", "REAP[+", "]", "exons", "at", "the", "different", "cutoffs", "(", "N", "=", "2", ",", "3", ",", "4).(B", ")", "Nine", "RT-PCR", "validated", "REAP[+", "]", "AS", "events", "in", "hESCs", "(", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", ")", ",", "derived", "NPs", "(", "Cyt-NP", "and", "HUES6-NP", ")", ",", "and", "hCNS-SCns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon-included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon-skipped", ")", "isoforms.(C", ")", "RT-PCR", "of", "REAP[+", "]", "alternative", "exons", "from", "EHBP1", ",", "SLK", ",", "and", "RAI14", "across", "a", "panel", "of", "human", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon-included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon-skipped", ")", "isoforms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "First", ",", "given", "three", "independent", "samples", "each", "from", "two", "conditions", ",", "we", "concluded", "that", "REAP", "was", "able", "to", "identify", "AS", "events", "with", "high", "specificity", "but", "with", "moderate", "sensitivity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Second", ",", "AS", "events", "in", "hESCs", "were", "more", "similar", ",", "whereas", "the", "AS", "events", "in", "derived", "NPs", "were", "consistent", "with", "or", "intermediate", "to", "the", "benchmark", "hCNS-SCns", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "the", "cell", "lines", "and/or", "differentiation", "protocols", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "we", "tested", "the", "AS", "patterns", "of", "REAP[+", "]", "exons", "from", "EHBP1", ",", "SLK", ",", "and", "RAI14", "in", "a", "panel", "of", "differentiated", "human", "tissues", "(", "Figure", "7C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "REAP[+", "]", "alternative", "exon", "in", "the", "RAI14", "(", "retinoic", "acid", "induced", "14", ")", "gene", "was", "observed", "to", "have", "the", "same", "AS", "pattern", "in", "NPs", "as", "in", "frontal", "and", "temporal", "cortex", "and", "in", "several", "other", ",", "non-brain", "adult", "tissues", ",", "such", "as", "heart", "and", "spleen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "The", "AS", "pattern", "of", "the", "REAP[+", "]", "exon", "in", "the", "SLK", "gene", "in", "NPs", "was", "similar", "to", "most", "differentiated", "tissues", ";", "however", ",", "the", "relatively", "strong", "inclusion", "of", "the", "exon", "in", "hESCs", "was", "unique", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "Even", "in", "esophagus", ",", "kidney", ",", "liver", ",", "and", "prostate", ",", "both", "isoforms", "were", "present", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "relative", "ratio", "of", "the", "exon-included", "to", "exon-skipped", "isoforms", "in", "SLK", "likely", "represents", "an", "ESC-specific", "AS", "signature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "alternative", "exon", "in", "the", "EHBP1", "gene", "was", "unusual", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "exon", "was", "included", "in", "hESCs", "but", "also", "in", "frontal", "cortex", "and", "temporal", "cortex", ",", "a", "finding", "that", "was", "unexpected", "given", "the", "exclusion", "of", "the", "exon", "in", "hCNS-SCns", "(", "Figure", "7C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "AS", "pattern", "in", "hCNS-SCns", "may", "represent", "a", "transient", ",", "early", "neuronal", "molecular", "change", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "Functional", "and", "Expression", "Characteristics", "of", "REAP[+", "]", "GenesIn", "total", ",", "1,500", "genes", "were", "identified", "that", "contained", "1,737", "REAP[+", "]", "exons", ",", "68", "%", "of", "which", "lacked", "prior", "transcript", "(", "EST/cDNA", ")", "evidence", "for", "AS", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "determine", "whether", "genes", "that", "contained", "REAP[+", "]", "exons", ",", "which", "we", "refer", "to", "as", "REAP[+", "]", "genes", ",", "are", "biased", "toward", "particular", "biological", "activities", ",", "REAP[+", "]", "genes", "were", "compared", "to", "a", "set", "of", "REAP", "analyzed", "genes", "not", "found", "to", "have", "REAP[+", "]", "exons", "(", "REAP[−", "]", "genes", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "A", "Gene", "Ontology", "analysis", "revealed", "that", "REAP[+", "]", "genes", "are", "enriched", "for", "GO", "molecular", "function", "categories", "“", "ATP", "binding", ",", "”", "“", "helicase", "activity", ",", "”", "“", "protein", "serine/theronine", "kinase", "activity", ",", "”", "“", "small", "GTPase", "regulatory/interacting", "protein", "activity", ",", "”", "and", "“", "thyroid", "hormone", "receptor", "binding", "”", "(", "Table", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "terms", "of", "GO", "biological", "process", "categories", ",", "REAP[+", "]", "genes", "were", "more", "frequently", "involved", "in", "“", "ubiquitin", "cycle", ".", "”" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similar", "results", "were", "obtained", "when", "we", "compared", "REAP[+", "]", "genes", "to", "all", "human", "genes", "that", "did", "not", "contain", "REAP[+", "]", "exons", "(", "Table", "1", ")", "[55].Table", "1Significantly", "Enriched", "Gene", "Ontology", "Terms", "in", "REAP[+", "]", "Genes", "(", "Cutoff", "of", "Two", "Significant", "“", "Outliers", "”", "per", "Probeset)Next", "we", "asked", "if", "REAP[+", "]", "genes", "are", "differentially", "expressed", "in", "hESCs", "compared", "to", "NPs", "and", "vice", "versa", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "For", "this", "analysis", ",", "the", "t-statistics", "computed", "above", "measuring", "the", "enrichment", "of", "a", "gene", "in", "hESCs", "relative", "to", "NPs", "was", "utilized", "for", "only", "REAP-analyzed", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "a", "defined", "absolute-valued", "cutoff", ",", "genes", "were", "divided", "into", "three", "categories", ":", "“", "enriched", "in", "hESCs", ",", "”", "“", "enriched", "in", "NP", ",", "”", "or", "“", "unchanged", "”", "(", "Figure", "8A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Increasing", "the", "t-statistic", "cutoff", "from", "one", "to", "five", ",", "the", "fraction", "of", "REAP[+", "]", "genes", "relative", "to", "REAP-analyzed", "genes", "remained", "constant", "in", "the", "“", "unchanged", "”", "categories", "(", "Figure", "8B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "However", ",", "the", "fraction", "of", "REAP[+", "]", "exons", "decreased", "significantly", "in", "“", "enriched", "in", "hESCs", "”", "and", "“", "enriched", "in", "NPs", "”", "categories", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "If", "we", "increased", "the", "cutoffs", "on", "genes", "that", "were", "randomly", "assigned", "as", "REAP[+", "]", "and", "REAP[−", "]", ",", "controlling", "for", "the", "same", "number", "of", "genes", "in", "each", "category", ",", "we", "observed", "that", "the", "fraction", "of", "REAP[+", "]", "exons", "remained", "unchanged", "for", "all", "three", "categories", "(", "Figure", "8C", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "To", "illustrate", ",", "at", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "10", "%", "(", "29", "of", "267", ")", "of", "enriched", "NP", "genes", "were", "REAP[+", "]", "genes", "and", "8.8", "%", "(", "102", "of", "1,162", ")", "of", "enriched", "hESC", "genes", "were", "REAP[+", "]", ",", "significantly", "different", "(", "p", "<", "0.000005", ")", "from", "the", "random", "control", "where", "∼14", "%", "of", "enriched", "NP", "and", "enriched", "hESC", "genes", "were", "REAP[+", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "14", "%", "(", "1,368", "of", "9,636", ")", "of", "genes", "that", "were", "expressed", "at", "similar", "levels", "between", "hESCs", "and", "NPs", "were", "REAP[+", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Our", "results", "suggested", "that", "a", "strategy", "of", "focusing", "on", "differentially", "expressed", "genes", "would", "miss", "at", "least", "14", "%", "of", "transcriptionally", "unchanged", "genes", "that", "may", "nevertheless", "have", "functional", "AS", "differences", "between", "hESCs", "and", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "Figure", "8Analysis", "of", "REAP[+", "]", "Genes", "Relative", "to", "Transcriptional", "Differences(A", ")", "Histogam", "of", "t-statistics", "computed", "from", "gene-level", "signal", "estimates", "measuring", "the", "enrichment", "of", "genes", "in", "hESC", "and", "in", "NP", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Genes", "on", "the", "right", "of", "the", "vertical", "line", "at", "5", "were", "designated", "enriched", "in", "hESC", "and", "genes", "on", "the", "left", "of", "the", "vertical", "line", "at", "−5", "were", "designated", "enriched", "in", "NP", ";", "genes", "in", "between", "−5", "and", "5", "were", "designated", "as", "“", "unchanged", "”", "or", "expressed", "similarly", "in", "hESC", "and", "NP.(B", ")", "Vertical", "bars", "representing", "the", "percentage", "of", "REAP[+", "]", "genes", "out", "of", "all", "genes", "in", "the", "different", "classifications", "(", "dashed", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "hESC", "”", ";", "black", "filled", "bar", ":", "“", "unchanged", "”", ";", "white", "filled", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "NP", "”", ")", ",", "at", "different", "cutoffs", "of", "1", "to", "5.(C", ")", "Set", "of", "genes", "where", "REAP[+", "]", "designation", "was", "randomly", "chosen", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Similar", "representation", "as", "in", "(", "B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Conserved", "Intronic", "Splicing", "Regulatory", "Elements", "Proximal", "to", "REAP[+", "]", "hESC", "and", "NP", "ExonsMany", ",", "if", "not", "most", ",", "alternative", "exons", "undergo", "cell", "type", "–", "specific", "regulation", "by", "the", "binding", "of", "trans-factors", "to", "splicing", "regulatory", "cis-elements", "located", "proximal", "to", "or", "within", "the", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "many", "tissue-specific", "splicing", "cis-regulatory", "elements", "were", "localized", "in", "intronic", "regions", "of", "AS", "exons", ",", "we", "focused", "on", "the", "identification", "of", "intronic", "splicing", "regulatory", "elements", "(", "ISREs", ")", "proximal", "to", "REAP[+", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "In", "addition", ",", "we", "wanted", "to", "identify", "both", "common", "and", "cell", "type", "–", "specific", "ISREs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Three", "sets", "of", "exons", "were", "generated", ":", "(", "i", ")", "REAP[+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "NPs", "and", "skipped", "in", "hESCs", "(", "REAP[+]NP", ")", ";", "(", "ii", ")", "REAP[+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "hESCs", "and", "skipped", "in", "NPs", "(", "REAP[+]hESC", ")", ";", "and", "(", "iii", ")", "all", "REAP[−", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Regions", "of", "400", "base", "pairs", "flanking", "the", "exons", "were", "targeted", "for", "search", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Initially", ",", "5-mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "between", "the", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "regions", "of", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "relative", "to", "REAP[−", "]", "exons", "were", "enumerated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "were", "not", "able", "to", "identify", "5-mers", "that", "were", "statistically", "significantly", "different", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Next", ",", "we", "focused", "on", "splicing", "signals", "that", "were", "conserved", "across", "mammalian", "genomes", "as", "a", "way", "of", "enhancing", "the", "signal", "of", "detecting", "functional", "splicing", "regulatory", "sequences", "[", "66", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Exons", "that", "were", "orthologous", "across", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", "were", "obtained", "and", "the", "flanking", "intronic", "regions", "were", "aligned", "(", "400", "bases", "upstream", "and", "downstream", "separately", ";", "Figure", "9A", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "enumerated", "k-mers", "that", "were", "perfectly", "conserved", "across", "all", "four", "genomes", "in", "the", "upstream", "(", "and", "downstream", ")", "intronic", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "conserved", "k-mer", "was", "attributed", "a", "χ", "score", "representing", "its", "enrichment", "in", "a", "set", "of", "exons", "relative", "to", "another", "set", "of", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "higher", "the", "score", ",", "the", "more", "frequent", "the", "conserved", "k-mer", "was", "in", "the", "first", "set", "relative", "to", "the", "second", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "As", "a", "negative", "control", ",", "the", "associations", "between", "REAP", "scores", "and", "exons", "were", "shuffled", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "enrichment", "scores", "for", "all", "downstream", "intronic", "5-mers", "for", "shuffled", "REAP[+]NP", "versus", "set", "REAP[−", "]", "exons", "(", "x-axis", ")", ",", "and", "for", "shuffled", "REAP[+]ES", "exons", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "y-axis", ")", "were", "displayed", "(", "Figure", "9B", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "At", "a", "χ", "cutoff", "of", "three", ",", "which", "corresponded", "to", "a", "p-value", "of", "0.0015", ",", "the", "majority", "of", "5-mers", "were", "not", "significantly", "enriched", "in", "either", "shuffled", "set", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Confident", "that", "no", "association", "of", "k-mers", "with", "shuffled", "REAP", "exons", "were", "found", ";", "we", "repeated", "the", "analyses", "for", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "5-mers", "for", "the", "original", "unshuffled", "sets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "identified", "68", "conserved", "5-mers", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]NP", "exons", ";", "and", "34", "5-mers", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]ES", "exons", "(", "Figure", "9C", ";", "Table", "S4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Of", "the", "5-mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]NP", "exons", ",", "we", "identified", "a", "U-rich", "motif", "(", "UUUUU", ")", ",", "a", "GU-rich", "motif", "(", "GUGUG", ")", ",", "and", "a", "CU-rich", "motif", "(", "CCUCU", ",", "CUCUC", ",", "UCUCU", ",", "GCUCU", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "It", "is", "known", "that", "the", "heterogeneous", "ribonucleoprotein", "C", "(", "hnRNP", "C", ")", "binding", "site", "obtained", "by", "SELEX", "is", "five", "“", "U”s", "[", "67", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "GU-rich", "sequences", "in", "flanking", "intronic", "regions", "were", "shown", "to", "bind", "to", "splicing", "factor", "ETR-3", "to", "regulate", "AS", "[", "68", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "CU-rich", "sequences", "were", "shown", "to", "bind", "the", "splicing", "factor", "PTB", "[", "69", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Of", "the", "5-mers", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]ES", "exons", ",", "we", "observed", "CUAAC", ",", "which", "resembled", "the", "splicing", "branch-signal", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Of", "the", "six", "5-mers", "that", "were", "enriched", "upstream", "of", "both", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons", ",", "we", "identified", "GCAUG", ",", "which", "was", "previously", "shown", "to", "be", "an", "intronic", "splicing", "cis-element", "for", "the", "mammalian", "fibronectin", "and", "calcitonin/CGRP", "genes", "[", "70–72", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "More", "recently", ",", "both", "mammalian", "Fox1", "and", "2", "have", "been", "demonstrated", "to", "regulate", "alternatively", "spliced", "exons", "via", "UGCAUG", "binding", "sites", "in", "neighboring", "introns", "in", "neuronal", "cell", "cultures", "[73].Figure", "9Conserved", "Intronic", "cis-Elements", "Enriched", "Proximal", "to", "REAP[+", "]", "Alternative", "Exons(A", ")", "Schematic", "describing", "the", "enumeration", "of", "intronic", "elements", "across", "400", "bases", "of", "flanking", "mammalian", "introns", "(", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Red", "and", "green", "horizontal", "bars", "represent", "conserved", "intronic", "elements", "and", "nonconserved", "elements", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Internal", "exons", "were", "divided", "into", "REAP[+]NP", ",", "REAP[+]ES", ",", "and", "REAP[−", "]", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "χ", "statistic", "was", "computed", "to", "represent", "the", "enrichment", "of", "conserved", "elements", "in", "intronic", "regions", "flanking", "REAP[+]NP", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "x-axis", ")", ",", "and", "REAP[+]ES", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "y-axis", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "The", "sign", "represented", "the", "direction", "of", "change", ",", "i.e.", ",", "positive", "if", "enriched", "in", "introns", "flanking", "REAP[+", "]", "versus", "REAP[−", "]", "exon", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Each", "conserved", "5-mer", "was", "associated", "with", "two", "numbers", ":", "the", "enrichment", "in", "introns", "proximal", "to", "REAP[+]NP", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "x-axis", ")", ",", "and", "REAP[+]ES", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(y-axis).(B", ")", "Downstream", "intronic", "regions", ",", "where", "the", "association", "between", "REAP[+", "]", "designation", "and", "the", "exons", "was", "shuffled.(C", ")", "Upstream", "intronic", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Circled", "5-mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5-mers", "enriched", "in", "the", "upstream", "intronic", "regions", "of", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons.(D", ")", "Downstream", "intronic", "regions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Circled", "5-mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5-mers", "enriched", "in", "the", "downstream", "intronic", "regions", "of", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Eighteen", "conserved", "5-mers", "were", "significantly", "enriched", "in", "the", "downstream", "introns", "of", "REAP[+]ES", "exons", ";", "and", "76", "5-mers", "were", "enriched", "downstream", "of", "REAP[+]NP", "exons", "(", "Table", "S4", ",", "Figure", "9D", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "identified", "a", "motif", "CUCAU", "resembling", "the", "Nova", "binding", "site", "YCAY", "[", "74", "]", ",", "and", "a", "G-rich", "motif", "(", "AGGGG", ",", "GGGGA", ",", "GGGGC", ",", "GGGGG", ",", "GGGGU", ")", "enriched", "in", "the", "introns", "downstream", "of", "REAP[+]ES", "exons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "G-rich", "motifs", "had", "previously", "been", "shown", "to", "be", "part", "of", "a", "bipartite", "signal", "that", "silences", "AS", "exons", "[", "75", "]", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Of", "the", "five", "5-mers", "that", "were", "enriched", "downstream", "of", "both", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons", ",", "GCAUG", "and", "a", "U-rich", "motif", "(", "UUUUU", ")", "were", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "We", "concluded", "that", "potential", "ISREs", "were", "enriched", "proximal", "to", "a", "subset", "of", "REAP[+", "]", "exons", ";", "in", "particular", ",", "the", "Fox1/2", "binding", "site", "GCUAG", "may", "play", "a", "regulatory", "role", "in", "controlling", "AS", "events", "in", "hESCs", "and", "NPs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "The", "ability", "of", "ESCs", "to", "generate", "all", "three", "embryonic", "germ", "layers", "has", "raised", "the", "exciting", "possibility", "that", "hESCs", "may", "become", "an", "unlimited", "source", "of", "cells", "for", "transplantation", "therapies", "involving", "organs", "or", "tissues", "such", "as", "the", "liver", ",", "pancreas", ",", "blood", ",", "and", "nervous", "system", ",", "and", "become", "tools", "to", "explore", "the", "molecular", "mechanisms", "of", "human", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-Tissue", "O", "I-Tissue", "O", "I-Tissue", "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "Despite", "such", "interests", ",", "relatively", "little", "is", "understood", "about", "the", "molecular", "mechanisms", "defining", "their", "pluripotency", "and", "the", "molecular", "changes", "important", "for", "hESCs", "to", "differentiate", "into", "specific", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "positive", "score", "indicated", "a", "higher", "likelihood", "of", "being", "AS", "in", "both", "human", "and", "mouse", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ACEScan", "was", "updated", "in", "the", "following", "ways", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Firstly", ",", "instead", "of", "relying", "on", "orthology", "information", "by", "Ensembl", ",", "and", "then", "aligning", "flanking", "introns", "in", "“", "orthologous", "”", "exons", ",", "conserved", "exonic", "and", "intronic", "regions", "in", "human", "and", "mouse", "from", "genome-wide", "multiple", "alignments", "were", "extracted", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Secondly", ",", "whereas", "in", "our", "previous", "analysis", "exons", "from", "the", "longest", "transcript", "in", "Ensembl", "were", "utilized", ",", "now", "we", "collapsed", "all", "the", "transcripts", "available", "at", "the", "UCSC", "genome", "browser", "and", "analyzed", "all", "exons", "in", "the", "entire", "gene", "loci", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ACEScan", "was", "utilized", "to", "assign", "ACEScan", "scores", "to", "all", "∼162,000", "internal", "exons", "in", "our", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Exons", "annotated", "as", "first", "or", "last", "exons", "in", "Refseq", "mRNAs", "were", "excluded", "from", "our", "analysis", ",", "resulting", "in", "4,487", "positive-scoring", "exons", ",", "2-fold", "more", "exons", "than", "originally", "published", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Here", "we", "repeated", "our", "analysis", "with", "exons", "with", "positive", "ACEScan", "scores", "(", "ACE[+", "]", ")", "instead", "of", "EST-SEs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "If", "we", "required", "that", "none", "of", "the", "points", "per", "probeset", "(", "exon", ")", "was", "significant", ",", "2", "%", "(", "1,645", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "(", "after", "probeset", "mapping", ")", "were", "ACE[+", "]", "(", "Figure", "6B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Shuffling", "the", "mapping", "between", "these", "probesets", "and", "exons", "resulted", "in", "3", "%", "(", "2,044", "of", "71,731", ")", "of", "exons", "being", "ACE[+", "]", "(", "Figure", "6B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "These", "percentages", "were", "not", "significantly", "different", "from", "the", "2.7", "%", "observed", "from", "all", "exons", "(", "4,487", "of", "the", "162,000", "exons", "that", "were", "scored", "by", "ACEScan", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "By", "raising", "the", "requirement", "that", "probesets", "had", "to", "contain", "five", "significant", "points", ",", "the", "percentage", "of", "ACE[+", "]", "exons", "increased", "from", "4", "%", "to", "11", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "sample", "sizes", "were", "small", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "comparison", ",", "the", "shuffled", "probesets", "at", "the", "same", "requirements", "remained", "at", "∼4", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "overall", "trends", "were", "observed", "with", "hCNS-SCns", "versus", "HUES6-ES", "and", "the", "derived", "NPs", "versus", "hESCs", "(", "Figure", "6B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "total", ",", "7.5", "%", "(", "131", "of", "1,737", ")", "of", "REAP", "[", "+", "]", "exons", "were", "designated", "as", "ACEScan[+", "]", "compared", "to", "2.4", "%", "(", "2,328", "of", "97,437", ")", "of", "REAP[−", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "This", "result", "suggested", "that", "a", "small", "but", "significantly", "enriched", "fraction", "of", "AS", "events", "in", "hESCs", "versus", "NPs", "was", "likely", "to", "be", "evolutionarily", "conserved", "in", "human", "and", "mouse", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "conclusion", ",", "our", "results", "suggested", "that", "REAP", "predictions", "were", "congruent", "with", "predictions", "from", "two", "independent", ",", "orthogonal", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Experimental", "Validation", "of", "Alternative", "ExonsThe", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "REAP", "in", "the", "identification", "of", "REAP[+", "]", "exons", "was", "tested", "by", "RT-PCR", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "validate", "REAP[+", "]", "alternative", "exons", ",", "RT-PCR", "primers", "were", "designed", "in", "the", "flanking", "exons", "to", "amplify", "both", "isoforms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "be", "a", "positively", "validated", "candidate", ",", "the", "PCR", "products", "on", "a", "gel", "had", "to", "satisfy", "all", "of", "the", "following", "criteria", ":", "(", "i", ")", "at", "least", "one", "isoform", "with", "the", "expected", "size", "must", "be", "visible", "in", "each", "cell", "type", ";", "(", "ii", ")", "the", "relative", "abundance", "of", "the", "two", "isoforms", "must", "be", "altered", "between", "two", "cell", "types", "and", "the", "direction", "of", "change", "have", "to", "be", "consistent", "with", "the", "REAP", "studentized", "residuals", ":", "in", "our", "study", "positive", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "hESCs", "and", "skipping", "in", "NPs", ",", "and", "negative", "residuals", "implied", "inclusion", "in", "NP", "and", "skipping", "in", "hESCs", ";", "and", "(", "iii", ")", "the", "results", "were", "replicable", "in", "at", "least", "two", "experiments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "simplicity", "of", "design", ",", "we", "tested", "candidates", "predicted", "from", "Cyt-ES", "versus", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Fifteen", "REAP[+", "]", "exons", "with", "at", "least", "two", "significant", "outliers", "(", "out", "of", "five", ")", "were", "randomly", "chosen", "as", "predicted", "alternative", "events", "and", "thirty-five", "exons", "with", "less", "than", "two", "significant", "outliers", "were", "randomly", "chosen", "as", "constitutive", "events", "(", "Table", "S3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Nine", "of", "the", "fifteen", "exons", "(", "60", "%", ")", "were", "validated", "as", "AS", "events", "by", "our", "criteria", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "sensitivity", "and", "specificity", "of", "the", "algorithm", "at", "the", "cutoff", "of", "two", "is", "69", "%", "and", "77", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Increasing", "the", "cutoff", "to", "three", "increased", "the", "specificity", "to", "85", "%", ",", "with", "a", "slight", "decrease", "in", "sensitivity", "to", "67", "%", "(", "Figure", "7A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "patterns", "of", "AS", "in", "hESCs", "were", "similar", "in", "both", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", "for", "all", "AS", "events", "validated", ",", "but", "the", "NPs", "(", "Cyt-NP", ",", "HUES6-NP", ",", "and", "hCNS-SCns", ")", "had", "more", "varied", "AS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "pattern", "of", "AS", "in", "the", "REAP[+", "]", "exons", "in", "the", "SLK", "(", "serine/threonine", "kinase", "2", ")", "and", "POT1", "(", "protection", "of", "telomeres", "1", ")", "genes", "showed", "remarkable", "agreement", "within", "derived", "NPs", "and", "hCNS-SCns", "(", "Figure", "7B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "AS", "exon", "in", "SLK", "was", "observed", "to", "be", "included", "in", "hESCs", "and", "completely", "excluded", "in", "NPs", ";", "the", "AS", "exon", "in", "the", "POT1", "gene", "was", "included", "more", "in", "hESCs", "and", "a", "smaller", "isoform", "persisted", "in", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "The", "AS", "patterns", "of", "the", "other", "verified", "REAP[+", "]", "exons", "were", "consistently", "similar", "in", "hESCs", "but", "were", "more", "varied", "in", "the", "NP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Interestingly", ",", "the", "patterns", "of", "AS", "in", "the", "derived", "NPs", "(", "Cyt-NP", "and", "HUES6-NP", ")", "were", "not", "always", "identical", "to", "those", "of", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "For", "example", ",", "the", "AS", "exon", "in", "the", "EHBP1", "(", "EH", "domain", "binding", "protein", "1", ")", "gene", "was", "included", "in", "hESCs", "but", "skipped", "in", "hCNS-SCns", ",", "and", "both", "isoforms", "were", "present", "in", "the", "derived", "NPs", "(", "Figure", "7B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "another", "example", ",", "the", "AS", "exon", "in", "the", "SORBS1", "(", "sorbin", "and", "SH3", "domain", "containing", "1", ")", "gene", "was", "skipped", "in", "hESCs", "and", "included", "in", "hCNS-SCns", ",", "but", "exhibited", "an", "intermediate", "pattern", "in", "the", "derived", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "However", ",", "in", "some", "cases", ",", "the", "AS", "patterns", "in", "the", "derived", "NPs", "were", "different", "from", "both", "hESCs", "and", "hCNS-SCns", "(", "such", "as", "in", "the", "AS", "exon", "in", "UNC84A", ",", "SIRT1", ",", "and", "MLLT10).Figure", "7RT-PCR", "Validation", "of", "REAP-Predicted", "Alternative", "Exons(A", ")", "Probesets", "(", "exons", ")", "were", "considered", "REAP[+", "]", "candidates", "if", "they", "contained", "at", "least", "N", "=", "2", "(", "white", "bars", ")", ",", "3", "(", "gray", "bars", ")", ",", "or", "4", "(", "black", "bars", ")", "significant", "outliers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "True", "positive", "(", "TP", ")", ",", "true", "negative", "(", "TN", ")", ",", "false", "positive", "(", "FP", ")", ",", "and", "false", "negative", "(", "FN", ")", "rates", "were", "calculated", "from", "RT-PCR-validated", "REAP[+", "]", "exons", "at", "the", "different", "cutoffs", "(", "N", "=", "2", ",", "3", ",", "4).(B", ")", "Nine", "RT-PCR", "validated", "REAP[+", "]", "AS", "events", "in", "hESCs", "(", "Cyt-ES", "and", "HUES6-ES", ")", ",", "derived", "NPs", "(", "Cyt-NP", "and", "HUES6-NP", ")", ",", "and", "hCNS-SCns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon-included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon-skipped", ")", "isoforms.(C", ")", "RT-PCR", "of", "REAP[+", "]", "alternative", "exons", "from", "EHBP1", ",", "SLK", ",", "and", "RAI14", "across", "a", "panel", "of", "human", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Arrows", "indicate", "the", "larger", "(", "exon-included", ")", "isoforms", "and", "smaller", "(", "exon-skipped", ")", "isoforms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "First", ",", "given", "three", "independent", "samples", "each", "from", "two", "conditions", ",", "we", "concluded", "that", "REAP", "was", "able", "to", "identify", "AS", "events", "with", "high", "specificity", "but", "with", "moderate", "sensitivity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Second", ",", "AS", "events", "in", "hESCs", "were", "more", "similar", ",", "whereas", "the", "AS", "events", "in", "derived", "NPs", "were", "consistent", "with", "or", "intermediate", "to", "the", "benchmark", "hCNS-SCns", ",", "likely", "reflecting", "differences", "in", "the", "cell", "lines", "and/or", "differentiation", "protocols", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "we", "tested", "the", "AS", "patterns", "of", "REAP[+", "]", "exons", "from", "EHBP1", ",", "SLK", ",", "and", "RAI14", "in", "a", "panel", "of", "differentiated", "human", "tissues", "(", "Figure", "7C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "REAP[+", "]", "alternative", "exon", "in", "the", "RAI14", "(", "retinoic", "acid", "induced", "14", ")", "gene", "was", "observed", "to", "have", "the", "same", "AS", "pattern", "in", "NPs", "as", "in", "frontal", "and", "temporal", "cortex", "and", "in", "several", "other", ",", "non-brain", "adult", "tissues", ",", "such", "as", "heart", "and", "spleen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "The", "AS", "pattern", "of", "the", "REAP[+", "]", "exon", "in", "the", "SLK", "gene", "in", "NPs", "was", "similar", "to", "most", "differentiated", "tissues", ";", "however", ",", "the", "relatively", "strong", "inclusion", "of", "the", "exon", "in", "hESCs", "was", "unique", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "Even", "in", "esophagus", ",", "kidney", ",", "liver", ",", "and", "prostate", ",", "both", "isoforms", "were", "present", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "relative", "ratio", "of", "the", "exon-included", "to", "exon-skipped", "isoforms", "in", "SLK", "likely", "represents", "an", "ESC-specific", "AS", "signature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "alternative", "exon", "in", "the", "EHBP1", "gene", "was", "unusual", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "exon", "was", "included", "in", "hESCs", "but", "also", "in", "frontal", "cortex", "and", "temporal", "cortex", ",", "a", "finding", "that", "was", "unexpected", "given", "the", "exclusion", "of", "the", "exon", "in", "hCNS-SCns", "(", "Figure", "7C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "AS", "pattern", "in", "hCNS-SCns", "may", "represent", "a", "transient", ",", "early", "neuronal", "molecular", "change", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "Functional", "and", "Expression", "Characteristics", "of", "REAP[+", "]", "GenesIn", "total", ",", "1,500", "genes", "were", "identified", "that", "contained", "1,737", "REAP[+", "]", "exons", ",", "68", "%", "of", "which", "lacked", "prior", "transcript", "(", "EST/cDNA", ")", "evidence", "for", "AS", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "determine", "whether", "genes", "that", "contained", "REAP[+", "]", "exons", ",", "which", "we", "refer", "to", "as", "REAP[+", "]", "genes", ",", "are", "biased", "toward", "particular", "biological", "activities", ",", "REAP[+", "]", "genes", "were", "compared", "to", "a", "set", "of", "REAP", "analyzed", "genes", "not", "found", "to", "have", "REAP[+", "]", "exons", "(", "REAP[−", "]", "genes", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "A", "Gene", "Ontology", "analysis", "revealed", "that", "REAP[+", "]", "genes", "are", "enriched", "for", "GO", "molecular", "function", "categories", "“", "ATP", "binding", ",", "”", "“", "helicase", "activity", ",", "”", "“", "protein", "serine/theronine", "kinase", "activity", ",", "”", "“", "small", "GTPase", "regulatory/interacting", "protein", "activity", ",", "”", "and", "“", "thyroid", "hormone", "receptor", "binding", "”", "(", "Table", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "terms", "of", "GO", "biological", "process", "categories", ",", "REAP[+", "]", "genes", "were", "more", "frequently", "involved", "in", "“", "ubiquitin", "cycle", ".", "”" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "results", "were", "obtained", "when", "we", "compared", "REAP[+", "]", "genes", "to", "all", "human", "genes", "that", "did", "not", "contain", "REAP[+", "]", "exons", "(", "Table", "1", ")", "[55].Table", "1Significantly", "Enriched", "Gene", "Ontology", "Terms", "in", "REAP[+", "]", "Genes", "(", "Cutoff", "of", "Two", "Significant", "“", "Outliers", "”", "per", "Probeset)Next", "we", "asked", "if", "REAP[+", "]", "genes", "are", "differentially", "expressed", "in", "hESCs", "compared", "to", "NPs", "and", "vice", "versa", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "For", "this", "analysis", ",", "the", "t-statistics", "computed", "above", "measuring", "the", "enrichment", "of", "a", "gene", "in", "hESCs", "relative", "to", "NPs", "was", "utilized", "for", "only", "REAP-analyzed", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "a", "defined", "absolute-valued", "cutoff", ",", "genes", "were", "divided", "into", "three", "categories", ":", "“", "enriched", "in", "hESCs", ",", "”", "“", "enriched", "in", "NP", ",", "”", "or", "“", "unchanged", "”", "(", "Figure", "8A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Increasing", "the", "t-statistic", "cutoff", "from", "one", "to", "five", ",", "the", "fraction", "of", "REAP[+", "]", "genes", "relative", "to", "REAP-analyzed", "genes", "remained", "constant", "in", "the", "“", "unchanged", "”", "categories", "(", "Figure", "8B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "However", ",", "the", "fraction", "of", "REAP[+", "]", "exons", "decreased", "significantly", "in", "“", "enriched", "in", "hESCs", "”", "and", "“", "enriched", "in", "NPs", "”", "categories", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "If", "we", "increased", "the", "cutoffs", "on", "genes", "that", "were", "randomly", "assigned", "as", "REAP[+", "]", "and", "REAP[−", "]", ",", "controlling", "for", "the", "same", "number", "of", "genes", "in", "each", "category", ",", "we", "observed", "that", "the", "fraction", "of", "REAP[+", "]", "exons", "remained", "unchanged", "for", "all", "three", "categories", "(", "Figure", "8C", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "To", "illustrate", ",", "at", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "10", "%", "(", "29", "of", "267", ")", "of", "enriched", "NP", "genes", "were", "REAP[+", "]", "genes", "and", "8.8", "%", "(", "102", "of", "1,162", ")", "of", "enriched", "hESC", "genes", "were", "REAP[+", "]", ",", "significantly", "different", "(", "p", "<", "0.000005", ")", "from", "the", "random", "control", "where", "∼14", "%", "of", "enriched", "NP", "and", "enriched", "hESC", "genes", "were", "REAP[+", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "a", "cutoff", "of", "five", ",", "14", "%", "(", "1,368", "of", "9,636", ")", "of", "genes", "that", "were", "expressed", "at", "similar", "levels", "between", "hESCs", "and", "NPs", "were", "REAP[+", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Our", "results", "suggested", "that", "a", "strategy", "of", "focusing", "on", "differentially", "expressed", "genes", "would", "miss", "at", "least", "14", "%", "of", "transcriptionally", "unchanged", "genes", "that", "may", "nevertheless", "have", "functional", "AS", "differences", "between", "hESCs", "and", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "Figure", "8Analysis", "of", "REAP[+", "]", "Genes", "Relative", "to", "Transcriptional", "Differences(A", ")", "Histogam", "of", "t-statistics", "computed", "from", "gene-level", "signal", "estimates", "measuring", "the", "enrichment", "of", "genes", "in", "hESC", "and", "in", "NP", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Genes", "on", "the", "right", "of", "the", "vertical", "line", "at", "5", "were", "designated", "enriched", "in", "hESC", "and", "genes", "on", "the", "left", "of", "the", "vertical", "line", "at", "−5", "were", "designated", "enriched", "in", "NP", ";", "genes", "in", "between", "−5", "and", "5", "were", "designated", "as", "“", "unchanged", "”", "or", "expressed", "similarly", "in", "hESC", "and", "NP.(B", ")", "Vertical", "bars", "representing", "the", "percentage", "of", "REAP[+", "]", "genes", "out", "of", "all", "genes", "in", "the", "different", "classifications", "(", "dashed", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "hESC", "”", ";", "black", "filled", "bar", ":", "“", "unchanged", "”", ";", "white", "filled", "bar", ":", "“", "enriched", "in", "NP", "”", ")", ",", "at", "different", "cutoffs", "of", "1", "to", "5.(C", ")", "Set", "of", "genes", "where", "REAP[+", "]", "designation", "was", "randomly", "chosen", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Similar", "representation", "as", "in", "(", "B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Conserved", "Intronic", "Splicing", "Regulatory", "Elements", "Proximal", "to", "REAP[+", "]", "hESC", "and", "NP", "ExonsMany", ",", "if", "not", "most", ",", "alternative", "exons", "undergo", "cell", "type", "–", "specific", "regulation", "by", "the", "binding", "of", "trans-factors", "to", "splicing", "regulatory", "cis-elements", "located", "proximal", "to", "or", "within", "the", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "many", "tissue-specific", "splicing", "cis-regulatory", "elements", "were", "localized", "in", "intronic", "regions", "of", "AS", "exons", ",", "we", "focused", "on", "the", "identification", "of", "intronic", "splicing", "regulatory", "elements", "(", "ISREs", ")", "proximal", "to", "REAP[+", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "In", "addition", ",", "we", "wanted", "to", "identify", "both", "common", "and", "cell", "type", "–", "specific", "ISREs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Three", "sets", "of", "exons", "were", "generated", ":", "(", "i", ")", "REAP[+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "NPs", "and", "skipped", "in", "hESCs", "(", "REAP[+]NP", ")", ";", "(", "ii", ")", "REAP[+", "]", "exons", "that", "were", "predicted", "to", "be", "included", "in", "hESCs", "and", "skipped", "in", "NPs", "(", "REAP[+]hESC", ")", ";", "and", "(", "iii", ")", "all", "REAP[−", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Regions", "of", "400", "base", "pairs", "flanking", "the", "exons", "were", "targeted", "for", "search", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Initially", ",", "5-mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "between", "the", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "regions", "of", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "relative", "to", "REAP[−", "]", "exons", "were", "enumerated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "were", "not", "able", "to", "identify", "5-mers", "that", "were", "statistically", "significantly", "different", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Next", ",", "we", "focused", "on", "splicing", "signals", "that", "were", "conserved", "across", "mammalian", "genomes", "as", "a", "way", "of", "enhancing", "the", "signal", "of", "detecting", "functional", "splicing", "regulatory", "sequences", "[", "66", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Exons", "that", "were", "orthologous", "across", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", "were", "obtained", "and", "the", "flanking", "intronic", "regions", "were", "aligned", "(", "400", "bases", "upstream", "and", "downstream", "separately", ";", "Figure", "9A", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "enumerated", "k-mers", "that", "were", "perfectly", "conserved", "across", "all", "four", "genomes", "in", "the", "upstream", "(", "and", "downstream", ")", "intronic", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "conserved", "k-mer", "was", "attributed", "a", "χ", "score", "representing", "its", "enrichment", "in", "a", "set", "of", "exons", "relative", "to", "another", "set", "of", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "higher", "the", "score", ",", "the", "more", "frequent", "the", "conserved", "k-mer", "was", "in", "the", "first", "set", "relative", "to", "the", "second", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "As", "a", "negative", "control", ",", "the", "associations", "between", "REAP", "scores", "and", "exons", "were", "shuffled", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "enrichment", "scores", "for", "all", "downstream", "intronic", "5-mers", "for", "shuffled", "REAP[+]NP", "versus", "set", "REAP[−", "]", "exons", "(", "x-axis", ")", ",", "and", "for", "shuffled", "REAP[+]ES", "exons", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "y-axis", ")", "were", "displayed", "(", "Figure", "9B", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "At", "a", "χ", "cutoff", "of", "three", ",", "which", "corresponded", "to", "a", "p-value", "of", "0.0015", ",", "the", "majority", "of", "5-mers", "were", "not", "significantly", "enriched", "in", "either", "shuffled", "set", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Confident", "that", "no", "association", "of", "k-mers", "with", "shuffled", "REAP", "exons", "were", "found", ";", "we", "repeated", "the", "analyses", "for", "upstream", "and", "downstream", "intronic", "5-mers", "for", "the", "original", "unshuffled", "sets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "identified", "68", "conserved", "5-mers", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]NP", "exons", ";", "and", "34", "5-mers", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]ES", "exons", "(", "Figure", "9C", ";", "Table", "S4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "5-mers", "that", "were", "significantly", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]NP", "exons", ",", "we", "identified", "a", "U-rich", "motif", "(", "UUUUU", ")", ",", "a", "GU-rich", "motif", "(", "GUGUG", ")", ",", "and", "a", "CU-rich", "motif", "(", "CCUCU", ",", "CUCUC", ",", "UCUCU", ",", "GCUCU", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "It", "is", "known", "that", "the", "heterogeneous", "ribonucleoprotein", "C", "(", "hnRNP", "C", ")", "binding", "site", "obtained", "by", "SELEX", "is", "five", "“", "U”s", "[", "67", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "GU-rich", "sequences", "in", "flanking", "intronic", "regions", "were", "shown", "to", "bind", "to", "splicing", "factor", "ETR-3", "to", "regulate", "AS", "[", "68", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "CU-rich", "sequences", "were", "shown", "to", "bind", "the", "splicing", "factor", "PTB", "[", "69", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "5-mers", "enriched", "upstream", "of", "REAP[+]ES", "exons", ",", "we", "observed", "CUAAC", ",", "which", "resembled", "the", "splicing", "branch-signal", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "six", "5-mers", "that", "were", "enriched", "upstream", "of", "both", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons", ",", "we", "identified", "GCAUG", ",", "which", "was", "previously", "shown", "to", "be", "an", "intronic", "splicing", "cis-element", "for", "the", "mammalian", "fibronectin", "and", "calcitonin/CGRP", "genes", "[", "70–72", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "More", "recently", ",", "both", "mammalian", "Fox1", "and", "2", "have", "been", "demonstrated", "to", "regulate", "alternatively", "spliced", "exons", "via", "UGCAUG", "binding", "sites", "in", "neighboring", "introns", "in", "neuronal", "cell", "cultures", "[73].Figure", "9Conserved", "Intronic", "cis-Elements", "Enriched", "Proximal", "to", "REAP[+", "]", "Alternative", "Exons(A", ")", "Schematic", "describing", "the", "enumeration", "of", "intronic", "elements", "across", "400", "bases", "of", "flanking", "mammalian", "introns", "(", "human", ",", "dog", ",", "rat", ",", "and", "mouse", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Red", "and", "green", "horizontal", "bars", "represent", "conserved", "intronic", "elements", "and", "nonconserved", "elements", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Internal", "exons", "were", "divided", "into", "REAP[+]NP", ",", "REAP[+]ES", ",", "and", "REAP[−", "]", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "χ", "statistic", "was", "computed", "to", "represent", "the", "enrichment", "of", "conserved", "elements", "in", "intronic", "regions", "flanking", "REAP[+]NP", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "x-axis", ")", ",", "and", "REAP[+]ES", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "y-axis", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "The", "sign", "represented", "the", "direction", "of", "change", ",", "i.e.", ",", "positive", "if", "enriched", "in", "introns", "flanking", "REAP[+", "]", "versus", "REAP[−", "]", "exon", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Each", "conserved", "5-mer", "was", "associated", "with", "two", "numbers", ":", "the", "enrichment", "in", "introns", "proximal", "to", "REAP[+]NP", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(", "x-axis", ")", ",", "and", "REAP[+]ES", "versus", "REAP[−", "]", "exons", "(y-axis).(B", ")", "Downstream", "intronic", "regions", ",", "where", "the", "association", "between", "REAP[+", "]", "designation", "and", "the", "exons", "was", "shuffled.(C", ")", "Upstream", "intronic", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Circled", "5-mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5-mers", "enriched", "in", "the", "upstream", "intronic", "regions", "of", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons.(D", ")", "Downstream", "intronic", "regions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Circled", "5-mers", "in", "the", "upper", "right", "quadrant", "represent", "conserved", "5-mers", "enriched", "in", "the", "downstream", "intronic", "regions", "of", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Eighteen", "conserved", "5-mers", "were", "significantly", "enriched", "in", "the", "downstream", "introns", "of", "REAP[+]ES", "exons", ";", "and", "76", "5-mers", "were", "enriched", "downstream", "of", "REAP[+]NP", "exons", "(", "Table", "S4", ",", "Figure", "9D", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "identified", "a", "motif", "CUCAU", "resembling", "the", "Nova", "binding", "site", "YCAY", "[", "74", "]", ",", "and", "a", "G-rich", "motif", "(", "AGGGG", ",", "GGGGA", ",", "GGGGC", ",", "GGGGG", ",", "GGGGU", ")", "enriched", "in", "the", "introns", "downstream", "of", "REAP[+]ES", "exons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "G-rich", "motifs", "had", "previously", "been", "shown", "to", "be", "part", "of", "a", "bipartite", "signal", "that", "silences", "AS", "exons", "[", "75", "]", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Of", "the", "five", "5-mers", "that", "were", "enriched", "downstream", "of", "both", "REAP[+]NP", "and", "REAP[+]ES", "exons", ",", "GCAUG", "and", "a", "U-rich", "motif", "(", "UUUUU", ")", "were", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "We", "concluded", "that", "potential", "ISREs", "were", "enriched", "proximal", "to", "a", "subset", "of", "REAP[+", "]", "exons", ";", "in", "particular", ",", "the", "Fox1/2", "binding", "site", "GCUAG", "may", "play", "a", "regulatory", "role", "in", "controlling", "AS", "events", "in", "hESCs", "and", "NPs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "The", "ability", "of", "ESCs", "to", "generate", "all", "three", "embryonic", "germ", "layers", "has", "raised", "the", "exciting", "possibility", "that", "hESCs", "may", "become", "an", "unlimited", "source", "of", "cells", "for", "transplantation", "therapies", "involving", "organs", "or", "tissues", "such", "as", "the", "liver", ",", "pancreas", ",", "blood", ",", "and", "nervous", "system", ",", "and", "become", "tools", "to", "explore", "the", "molecular", "mechanisms", "of", "human", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "I-Tissue", "O", "I-Tissue", "O", "I-Tissue", "O", "O", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "Despite", "such", "interests", ",", "relatively", "little", "is", "understood", "about", "the", "molecular", "mechanisms", "defining", "their", "pluripotency", "and", "the", "molecular", "changes", "important", "for", "hESCs", "to", "differentiate", "into", "specific", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]